ある日、トレセン学園全ウマ娘合同のＶＲウマレーターでのトレーニングが行われた。
しかし、トレーニングが終わるとそこで待っていたのは………
荒れ果てたトレセン学園と府中………
そしてトレーナーどころか、人間が１人も居なくなった世界だった！
一体何があったのか？人間達は何処へ行ったのか？
愕然となるウマ娘達だったが、学園と町を復興させれば人間達は戻ってくると考え、力を合わせて復興作業を開始する。
果たして、この世界に何があったのか？
そして、人間達は戻ってくるのだろうか？