東京湾で発生した3つの台風は海を渡り、海中にいたウマ娘たちを吸い上げながら巻き込み、そのままウマ娘ごとトレセン学園へと進んだ。
その結果、トレーナーたちは暴風と豪雨と洪水だけでなく、
"台風によって飛来したウマたち"の襲撃に悩まされることとなった。

襲い掛かるウマ娘とトレーナーとの戦いが幕を開ける