今日はトレセン学園で年に一度の聖蹄祭の日。マチオとタアーボは遅れてお祭りにやってきました。しかし敷地内にはだ〜れもいません
別件でタアーボと別れたマチオはトレセン校舎に入り、理事長と出会います。しかし理事長は何故かカクカクのオリガミの姿にされており、マチオを地下牢に閉じ込めました
地下牢で同じく幽閉されていたオリガミのウマ娘、「ネイチャア」、そして中途半端に折られたテイオウの協力を得て脱出したマチオでしたが、そこに黒幕であるオリガミウマ娘「ハロー女王」が立ちふさがります
ハロー女王の目的は全てのペラペラウマ娘たちを根絶し、オリガミウマ娘たちによるオリガミウマ娘の学園、『オリガミ学園』を作ることである。彼女はそう宣言すると突然、謎の紙テープが学園に巻き付いて校舎を持ち上げ、そのまま遥か彼方に運んでいってしまいました
辛うじて脱出したマチオたち。理事長を、そして学園を元に戻すため、新たな冒険に出かけるのでした

記憶喪失の着ぐるみ、考古学に詳しいマーベラスなウマ娘、船乗りウマ娘など、旅先で出会う個性豊かな仲間たちと協力して冒険しよう！