宇宙世紀１５３年　人類が生活の拠点を宇宙に移してから、すでに１世紀半が過ぎていた。地球から最も遠いコロニー群サイド３に住む学生であるトレーナーは、ネットに流れていたザンスカール帝国の秘密兵器「エンジェル・ヘイロー」の情報を見てしまい、帝国から追われる身となってしまう。
トレーナーは、うさぎのぬいぐるみを抱いた不思議な雰囲気のウマ娘ベルと、木星共和国の特殊部隊「蛇の足」に所属するウマ娘ライアンに出会い、エンジェル・コールを巡る戦いに巻き込まれていく。