これまでのあらすじ・平和を謳歌するトレセン学園のレース場に、突然ニンジャウマ娘の集団が出現。生徒会会長であるシンボリルドルフが向かうと、そこには数十人ものニンジャウマ娘を率いる謎のニンジャウマ娘、私利臼新堀の姿が。彼女とのレース勝負に勝てばニンジャウマ娘集団は手を引くという取引の元、シンボリルドルフは15対1の2600ｍレースに挑む。
しかし、ニンジャウマ娘たちの手裏剣や忍刀をかいくぐりながらのレースは熾烈を極め、シンボリルドルフはハナ差で私利臼新堀に敗北する。
「これからはニンジャウマ娘が学園を統治する」そう言って去っていく私利臼新堀を、シンボリルドルフは黙って見ていることしかできない。
「皇帝失格だな……」「諦めるのはまだ早い」シンボリルドルフの前に現れたのは、彼女のトレーナー、ルドルフトレだった。
「三女神がかつてウマ娘たち走り方を教えたという、秘密の修行場。そこに行き、デスクワークで鈍った闘争本能を、もう一度目覚め直すんだ」「その場所とは……？」
ルドルフトレは空を指さして言った。
「火星だ」
宇宙に向けて飛び立つメジロスペースシャトル。果たして、シンボリルドルフはニンジャウマ娘集団を倒し、学園の平和を取り戻せるのか？そして、私利臼新堀の正体とは？ニンジャにかぶれたグラスワンダーがエルに放ったイズナ落としの恐るべき威力とは？
ウマ娘プリティーダービー『火星の三女神編』近年配信予定。