「全宇宙におけるウマ娘の数を半分にする」という野望を持ったトキノミノルはついに６つのインフィニティ・ジュエルを揃えてしまう。
ウマベンジャーズの必死の抵抗も虚しくトキノミノルは最悪の野望を達成してしまう。目の前で仲間・親友・ライバル達を失ったウマ娘達は途方に暮れるのだった。

最悪の事態から5年。時空を超える世界が存在する事を知り時間を巻き戻せる方法を完成させたアグネスタキオンは過去に戻ってインフィニティ・ジュエルを集めれば消えた仲間を取り戻せるのではないかと考える。

インフィニティ・ジュエルを手に入れるには様々な時代へ飛び大レースで強力なライバル達に打ち勝たなければならない。再び集結したウマベンジャーズ達はそれぞれの思いを胸にそれぞれの時代へ飛んでいくのだった。