強大な闇のウマ娘「カレンモート」のカワイイの呪いを受けながらも唯一生き延びた赤ん坊スイープ・トウショウは非ウマ娘族であるヒトグルの家族によって虐げられながら育てられた。
スイープは十二歳の誕生日に自分はウマ娘である事、ウマ娘のための学校「トレセン学園」の入学が決まっている事を告げられ、ウマ娘の世界に向かう事になった。
ウマ娘の友人カワカミ、ロブロイらと共に、歴代最高の理事長ヤヨイ・カクテイドアの元で様々な事を学ぶのだった。
ウマ娘のスポーツ「レース」のチームに一年生ながら選ばれたスイープだったが、スイープを嫌う教師リコ・カシモトに命を狙われたり、賢者の石と呼ばれる不老不死を得るための石を巡って奔走したりする事に。
「生き残ったウマ娘」スイープ・トウショウは両親の仇である「例のあのウマ娘」カレンモートから賢者の石を守り抜く事は出来るのか！