トレセン峡谷に住む見習い機械工のウマ娘スズーは、ある日、空から降ってきた不思議なウマ娘を助ける。そのウマ娘シーナは、浮力を持つ鉱石「飛行ジュエル」を身につけていた。そしてその不思議な石を手に入れようと、政府機関や海賊たちが迫ってくる。スズーとシーナは飛行ジュエルをめぐる陰謀に巻き込まれ、やがて「ウマピュタ帝国」にいざなわれてゆく。それは天空に浮かび、かつて地上を支配したという伝説の島だった。

主な登場人物
スズー
シーナ
空中海賊ドンナ
ダスカ大佐