ウマ娘の脅威に怯え、壁の中で暮らしていた人類。
百年間の安寧の日々は突然終わる。
壁が超大型ウマ娘によって破壊されたのだ。
ウマ娘化する事が出来る能力を持つタヅナ・ハャカワー、並外れた身体能力を持つアオイ・キッリューイン、頭脳明晰なリコ・カシモルトは調査URA団に入団し、人類の自由を求め戦う。