全人類が、謎の現象により一瞬でジュエル化して数千年──。
超人的な頭脳を持つ、根っからの科学ウマ娘・シャカールが目覚めた。

文明が滅んだ宝石の世界ジュエルワールドを前に、
シャカールは、科学の力で世界を取り戻すことを決意。
新たな仲間を集め『科学王国』を作りあげる。

しかし、そこへ最強のウマ娘・ブライアン率いる
「武力帝国」が立ちはだかる。
人類の浄化を目指し、強大な武力によって科学の発展を阻止しようとするブライアン。
科学vs武力の戦いは激闘の末、シャカールたち科学王国が優勢となり、
両国は遂に和解する。

仲間の謀反によってコールドスリープ状態になったブライアン、
そして、全人類を復活すべく、
科学王国はジュエル化光線の発生源、地球の裏側・新世界を目指す！

世界に飛び出てジュエル化の謎を解き明かす！
宝石の世界ジュエルワールド大航海時代がついに開幕する──！！

登場人物
科学の天才シャカール
無限の体力ポッケ
手先が超絶起用ブルボン
最強の武力ブライアン
野生の勘スカーレット
好奇心旺盛ウオッカ
村長の長女アルダン
村の門番バンブーとミラ子
メンタリストフジ
潜入のプロカワカミ
凄腕の職人ゴルシ
強欲な航海士タップ